Ispanya,Güney Fransa ve Türkiye,en büyük yılan kartalı popülasyonuna sahip ülkelerdir.İtalya ve Yunanistan gibi Akdeniz bitki örtüsüne sahip ülkelerde de düzenli olarak görülebilir.
19.yüzyılın ortalarından itibaren yılan kartalı popülasyonunda sürekli düşüş gözlenmektedir.
Bunun temel nedenleri,ana besin kaynağı yılanların,gerek tarımsal ilaçlarla,gerekse türlü bahanelerle yok edilmesi ve gerekse,göç esnasında yılan kartallarının acımasız avcıların hedefi haline gelmesidir.(Örneğin 1993 yılında,sadece Malta da 50 kadar bireyin ve sadece bir gün içinde avcılar tarafından öldürüldüğü kayıtlara geçmiştir.)
Yoğun arazi kullanımı,habitat kaybı ve özellikle,üreme ve avlanma için tercih ettiği Akdeniz bitki örtüsü makiliklerin,kurak steplerin azalması da yok oluşun önemli etkenleridir.Bütün bunlara üreme yeteneğinin de çok düşük olması eklenince,yılan kartalının geleceği pek parlak görünmüyor.

Kaynak:Enzyklopädie der Brutvögel Euroas
http://de.wikipedia.org/wiki/Schlangenadler